运输合同中保管费用要交印花税。
根据《印花税暂行条例》第二条：下列凭证为应纳税凭证：
（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
（二）产权转移书据；
（三）营业帐簿；
（四）权利、许可证照；
（五）经财政部确定征税的其他凭证。
第三条：纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额的应纳税额具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。应纳税额不足一角的，免纳印花税。 应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。
